El anime tiene lugar en el Japón de 1868, justo durante la época de Bakumatsu (??, 1853-1867), el fin de la era de los Shogun (Tokugawa) y precursor de la Restauración Meiji.
La historia se centra en la figura de Akizuki Yôjirô, un rônin que es el legendario Asesino Eterno o Eien no Shikaku (?????) y su búsqueda por la Cabeza del Conquistador, Hasha no Kubi (????), un objeto que solo aparece durante épocas de revolución y de caos. Akizuki es el portador de una espada igualmente legendaria, el Getsuruit? (???) o el Filo de una Lágrima de Luna.
La historia se traslada a dos pequeñas aldeas japonesas en la era Keichou, exactamente en el año 1614 A.D. y narra la rivalidad de los clanes enfrentados durante mas de 400 años por el odio entre las familias. Los actuales representantes, Kouga Danjo de Kouga y Ogen de Iga no consiguieron fraguar su amor y resolver definitivamente esta rivalidad por lo que intentan conseguir que sus sucesores Gennosuke y Oboro cumplan su amor y puedan acabar con este enfrentamiento sin sentido; pero donde hay amor habrá muerte y sus planes se ven estropeados cuando Ieyasu, el actual Shogun, decide rivalizar a Kouga e Iga para ver quien de sus dos nietos será el próximo Shogun. En caso de que Kouga gane Kunichiyo sería el próximo Shogun y Kouga podrá vengar su rivalidad con Iga y ser protegida durante los próximos mil años, pero si Iga acaba con Kouga Takechiyo será el próximo Shogun. Dos pergaminos inscritos con los 10 mejores guerreros ninja de cada aldea son enviados a sus respectivas aldeas con el fin de comenzar el terrible duelo que una vez mas estropeará el destino de los sucesores de las dos aldeas e impedirá que su amor surja...
En un mundo envuelto en el caos de la guerra, se alzan unos valientes guerreros con la furia desatada de una tormenta. Saizô Kirigakure, ninja de Iga; Isanami, sacerdotisa de Izumo; Sasuke Sarutobi, ninja de Kôga? Diez elegidos reunidos en torno a Yukimura Sanada, su señor, formarán los Diez Heroicos, un grupo invencible de encomiable valor. Ahora, llega una nueva historia protagonizada por nuestros 10 guerreros de la era Sengoku, en el año 1600 de Japón.
En el año 1600, la decisiva batalla de Sekigahara se llevó a cabo.
En la prefectura de Satsuma, el comandante de la familia militar Shimazu, Toyohisa Shimazu, logró escapar de las garras de la muerte después de retirarse del campo de batalla y perderse por las montañas.
En medio del aguacero, termina metiéndose en un cuarto que era como una especie de pasillo infinito con muchas puertas. En este lugar, Toyohisa es lanzado por una de las puertas sin antes poder preguntarle nada al hombre misterioso, Murasaki.
Ahora está en un mundo regido por el reinado Orte. Este es un mundo donde los humanos viven junto a los demi-humanos. Junto a los héroes de guerra Nobunaga Oda y Yoichi Nasu que han llegado de igual forma pero de otros tiempos, Toyohisa deberá aplicar su habilidad de samurai para enfrentar el campo de batalla de este nuevo mundo.
La historia del manga original está protagonizada por Shimazu Toyohisa, samurái real que luchó en la Batalla de Sekigahara. En sus últimos momentos de vida tras ser herido mortalmente, Shimazu es transportado a un mundo de magia junto a otros famosos guerreros de la historia. Estos guerreros se ven forzados a luchar entre ellos en una batalla interminable.
Al enterarse de la desaparición de su padre, una adolescente decide vestirse de hombre y viajar a la ciudad de Kyoto esperando encontrarse con él. Durante el primer día en la ciudad, es testigo de una pelea con espadas entre samurais y demonios guerreros. Mientras se encuentra en custodia de los samurais, se entera de que se trata del Shinsengumi, un grupo que conocía a su padre y muy interesado en saber el motivo por el cual su clínica se incendió hacía un mes. Sin familia o amigos a los que dirigirse, ella se ve forzada a formar parte de los miembros del Shinsengumi para continuar su búsqueda.
En la era Heisei 20 , por los alrededores del Sagrado Monte Fuji, se encuentra una gigantesca escuela. En la Academia Privada Buou, todos los estudiantes son hijos de Samurai y mientras cumplen con sus estudios, deben pasar dias preparándose para algún día luchar en batallas que pondrán en riesgo sus vidas. A pesar de la pacífica fachada de la escuela, muchos conflictos internos se desatan dentro de ella. Aquellos que se rebelan contra el Régimen Tokugawa y la Facción Toyotomi, un grupo de cazadores al servicio del tirano consejo estudiantil.
En Japón, durante la Era Tokugawa, toma lugar una persecución de cristianos bajo las órdenes de fuerzas gubernamentales. Yagyu Jubei Mitsuyoshi es asignado junto a un comando de ninjas para tomar control de una ciudad que ha caído bajo el mando de un joven cristiano llamado Amakusa Shiro, lider de la rebelión Shimabara y considerado por algunos como el próximo Salvador. Poco después de que Amakusa es asesinado, y siguiendo lo predicho por una profecía, su espíritu regresa a la tierra e inicia una masacre demoniaca en venganza de sus compañeros caídos, masacre que Jubei se dispone a detener.
Enmarcada dentro del contexto histórico japonés conocido como Restauración Meiji, Peace Maker Kurogane narra la historia sobre el famoso Shinsengumi. Justamente el Japón feudal de poco antes de la Restauración Meiji estaba dividido en dos bandos: los patriotas que estaba a gusto con el shogunato de Tokugawa y los revolucionarios. Dentro de los primeros existió un grupo de samurais que intentaban mantener el orden dentro de la ciudad de Kyoto, los lobos de Mibu, el Shinsengumi, toda la historia de este manga gira entorno a este grupo, y se centra especialmente en Tetsunosuke, un chaval desesperado por cobrar venganza por la muerte de su padre, y por encontrar su lugar en el mundo después de tan desgraciado suceso.
En un futuro lejano, en un planeta que una vez fue llamado Tierra, los campesinos del pueblo de Kanna sufren continuamente los ataques de los Nobuseri, samuráis arruinados por la ausencia de guerras en las que lucharon, por lo que para sobrevivir se dedican a robar la comida y las mujeres de los pequeños e indefensos pueblos. Un año antes de la época de cosecha, Gisaku, el jefe de uno de estos pueblos, propone contratar a unos samuráis para que les protejan de la amenaza de los Nobuseri. Kirara y Komachi, dos hermanas sacerdotisas, acompañadas por Riki, se ofrecen voluntarias para ir a la ciudad y buscar a los samuráis que les puedan defender
Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida tras una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai negro, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio ellos la ayudan a encontrar al samurai que huele como los girasoles. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro.
Talpa, el señor demonio del Netherworld, está empeñado en conquistar el mundo mortal. Junto con sus cuatro señores oscuros de la guerra son los cinco samurais, cada uno en posesión de armas y armaduras místicas. Son asistidos por Mia Koji, un joven estudiante-profesor, y un misterioso monje-guerrero conocido sólo como El Anciano.
Akitsu Masanosuke es un samurái que va a Edo en busca de trabajo, pero su carácter retraído y tímido hacen que se acobarde más de lo debido, así que le acaban echando de todos los trabajos de guardaespaldas.
Empeñado en no trabajar de nada que no sea de samurái, el hambre comienza a apretarle. Un día conoce a Yaichi, el líder de una banda de secuestradores que le ofrecerá trabajar para él, pero claro, Masa es un hombre honrado y no quiere involucrarse con esas cosas... pero quiere comer.
La historia trata a Nakoruru, quien deseosa de no tener que pelear,se encuentra accidentalmente con Shiki, que se ha liberado del poder de Yuga: El destructor, pero el demonio Asura va en su busqueda para regresarla al mundo de las tinieblas a manos de Yuga pero tiene que enfrentarse a Haohmaru y Nakoruru primero.
En el período de la larga guerra civil en Japón, el territorio está dividido en distintas provincias con un régimen semi-independiente de gobierno, regidas por los señores feudales que se enfrentan unos a otros en una lucha interminable por el poder y conquistar territorios. Estos señores de la guerra se alzaron en todos los rincones del archipiélago, creando una situación de guerra continua. Algunos de los líderes que se enfrentaron fueron: Takeda Shingen y Sanada Yukimura en Kai, Uesugi Kenshin en Echigo, Azai Nagamasa en Oumi, Honda Tadakatsu y Tokugawa Ieyasu en Mikawa, etc. Peero, un hombre parece estar a solo un paso de establecer un control total sobre el país, el Sexto Rey Demonio, Oda Nobunaga de Owari. Sin embargo, aparece un nuevo personaje en el escenario del conflicto, Date Masamune, el ?Dragón de un solo Ojo?, un joven general de las provincias del Norte. Sus objetivos son claros, la cabeza de Oda Nobunaga y conseguir el control por el clan Date.
Una vez derrotado el poderoso Oda Nobunaga, las disensiones entre los distintos daimios de las regiones niponas continúan. Sin embargo, en esta lucha por el poder absoluto aparece un nuevo personaje, Toyotomi Hideyoshi, obsesionado al igual que Oda Nobunaga por someter Japón a sus designios. Este señor de la guerra viene acompañado por Takenaka Shigeharu Hanbei, su lugarteniente, un joven espadachín que defenderá a capa y espada los intereses de su señor. Aprovechándose de la situación generada por las diferentes facciones enfrentadas, Takeda, Uesugi, Date, etc., Toyotomi desea tomar el mando del país y erigirse como nuevo shogun, pero eso es algo que el resto de los clanes no permitirá, y al frente de esta fuerte oposición estarán Date Masamune y Sanada Yukimura, como vanguardia de los clanes Date y Takeda. Maeda Keiji, se verá entre la espada y la pared, e intentará que la situación no desemboque en otra encarnizada y sangrienta guerra sin fin.
