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La historia gira en torno a las habilidades especiales que un pequeño porcentaje de chicos y chicas en la pubertad desarrollan. Yu Otosaka usa su poder sin que nadie lo sepa y lleva una vida bastante normal, con una vida estudiantil común. Ante él aparece un día una chica llamada Nao Tomori. Debido a su encuentro con ella, el destino de aquellos con poderes especiales quedará al descubierto. Esta es la historia de cómo aquellos con poderes especiales experimentan la juventud.