Siguiendo el éxito de la serie Ouka Kenran, Sakura Taisen: Gouka Kenran continuó mostrando las historias que tuvieron lugar a los lados y entre los videojuegos originales. Cada episodio de los seis mostraba una aventura separada de algún lugar de la línea de tiempo de Sakura Taisen y Sakura Taisen 2. Los episodios fueron escritos para concentrarse en ocho diferentes miembros de la División Floral (los seis originales más dos de Sakura Taisen 2): Maria y Sakura el el primero, Iris y Leni en el segundo, Kanna y Sumire en el tercero, Orihime y Kohran en el cuarto, y todos ellos juntos en un episodio de dos partes.