Una misteriosa bacteria espacial, con forma de cristal, que adquiere cualquier forma a su antojo, se va apoderando de los planetas que se cruzan en su paso, para luego tranformarlos en horribles criaturas en forma de dragón de fuego, matando toda vida orgánica en el planeta. Un planeta que por fin se opuso a su ataque destructor, fue el planera GRADIUS, que durante milenios posee un extraño monolito que emite ondas electromagnéticas que rechaza a los Salamander. Pero este monolito es destruido, lo que permite la entrada de las bacterias. Pero tres valientes pilotos de cazas Viper, Dan, Eddie y Stephanie, arriesgan sus vidas para derrotar al enemigo. Años más tarde, las bacterias se dirigen al planeta LATIS, que rompió relaciones diplomáticas con GRADIUS, pero en vista de la destrucción inminente, pide ayuda a los tres audaces pilotos.
