En el año 2199, la Tierra fue bombardeada por el planeta Gamilus y contaminada por la radiactividad de sus ataques con asteroides, por lo que la humanidad está en peligro de extinción; la faz de la tierra se ha borrado, los océanos se han evaporado y la radiación ha llegado hasta gran parte del subsuelo. Lo que queda de la raza humana vive muy profundamente en las entrañas de la Tierra y solo falta poco más de 1 año para que la contaminación alcance a los que quedan. En un puesto de avanzada, en la órbita de Marte, los cadetes Kodai Susumu y Shima Daisuke monitoreaban una señal que aparece de manera inesperada, quienes investigan la nave espacial que se estrelló cerca de donde estaban ellos.