Crying Freeman cuenta la historia de un famoso ceramista japonés llamado Yoo Hinomura, que al intentar denunciar un asesinato de la mafia se ve reclutado en contra de su voluntad por una organización de asesinos llamada ‘Los 108 Dragones’ de la que llegará a formar parte convirtiéndose en uno de sus mejores sicarios. Hinamura es programado para que asesine en contra de su voluntad, por eso, cada vez que comete un asesinato no puede evitar llorar, de ahí recibe su nombre: Crying Freeman.