Waver Velvet, el joven que luchó codo con codo con Iskandar durante la Cuarta Guerra del Santo Grial de Fate/Zero. El tiempo ha pasado y ahora Waver, más maduro, ha adoptado el nombre de Lord El-Melloi.
Como El-Melloi II, enfrenta todo tipo de casos mágicos y místicos en la Torre del Reloj, la meca de todos los magos.
En un planeta desconocido se ha desarrollado un mundo nuevo. La perfección es su máximo objetivo y las personas se han convertido en máquinas y son dominadas por ellas. Una antigua creencia les hace pensar en negros augurios cuando nacen gemelos, por ello cuando la reina da a luz a un niño y una niña un guerrero se lleva a la pequeña ocultándole el hecho a la madre. Estos personajes quieren liberarse del yugo de las máquinas y luchan contra ellas, siendo ayudados por una extraña guerrera que luego se demuestra es la hermana del rey. Reunidos de nuevo los dos niños, descubren un nuevo planeta, donde la naturaleza reina a sus anchas, plena de vegetales y vida, partiendo hacia allí para crear un nuevo mundo.
