El final original de Neon Genesis Evangelion mostrado en los dos últimos capítulos de la serie de TV fue criticado unánimemente debido a la enorme cantidad de preguntas que dejó sin resolver. Sin más remedio, GAINAX decidió rehacer el final lanzando la película The End of Evangelion (El Final de Evangelion), que sustituye a los dos últimos episodios de la serie de TV. The End of Evangelion nos narra los acontecimientos ocurridos tras la muerte del último Ángel, revelándose un plan orquestado desde las sombras para forzar la evolución de la Humanidad, con un carácter cada vez más apocalíptico y oscuro mientras avanza la película, resolviendo las dudas dejadas de lado en el final original.
Naota es un chico normal y corriente de sexto curso que vive con su padre y su abuelo. Su monótona vida en la ciudad de Mabase se ve bruscamente interrumpida cuando una desconocida chica lo atropella con su Vespa. Su vida se convertirá en una auténtica locura cuando comiencen a salirle robots de la cabeza y deba luchar para salvar la Tierra.
La historia se situa en una ciudad japonesa cuyo nombre no es mencionado, un mes después de que un pilar de luz apareció en la oscuridad de la noche cinco años antes de una serie de asesinatos. Boogiepop Phantom contiene una gama de personajes, en su mayoría estudiantes de escuela secundaria, que son testigos del incidente y sus consecuencias. Al momento de la serie, los estudiantes de esta escuela comienzan a desaparecer y se culpa a Boogiepop por esto, quien, según una leyenda urbana, es la personificación de la Muerte.
Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños correos electrónicos póstumos de Chisa desde la red -o Wired-. Entre ellos se encuentra Lain Iwakura, una niña de 14 años a la que se le hace difícil convivir con los demás. Sin conocer el funcionamiento de una computadora, abre el correo de la joven suicida, y, por curiosidad, trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet)
